A Magyarország–Szlovákia Határon Átnyúló Együttműködési Program első pályázati felhívása 2008. október 15-én jelent meg, a pályázat során elsősorban a fenntartható gazdasági fejlődés, a turizmus, a humánerőforrás-fejlesztés, oktatás, kulturális együttműködések, a környezetvédelem valamint az infrastruktúrafejlesztés terén megvalósuló magyar-szlovák együttműködések támogatására nyílt lehetőség.

A 2008 decemberében záruló felhívásra 246 pályázat érkezett be a határmenti magyar és szlovák megyékből, ezek közül 106 pályázatot és 17 projekt koncepciót támogatott a Közös Monitoring Bizottság. A pályázatokra benyújtott támogatási igényt átlagosan 10% kormányzati társfinanszírozás és a pályázók 5% önereje egészít ki. A projektkoncepciók esetében a részletes pályázatok kidolgozására egy következő körben kerül sor, ami után a legjobbak esetében döntés születhet a végleges támogatásról.

A legnépszerűbb beavatkozási terület az első prioritáson belül a Közös idegenforgalom-fejlesztés és az Emberek közötti kapcsolatépítés volt, amelyekre összesen 102 pályázat érkezett be, a rendelkezésre álló kerethez képest több mint négyszeres támogatási igénnyel. A program második prioritásának keretein belül pedig több környezetvédelmi projekt mellett lehetőség nyílik számos kerékpár- és összekötőút, valamint két Ipoly-híd megépítésére is. Minden projekt magyar és szlovák partnerek bevonásával, szoros együttműködésben valósul meg.

Az első pályázati felhívás nyerteseinek támogatása mellett döntés született három új intézkedésről is (1.2. – Együttműködés a K+F és az innováció terén, 1.4. –  Az egészségügyi létesítmények közös fejlesztése és összehangolt használata, 2.5. – Határon átnyúló kommunikációs csatornák fejlesztése), ezek megnyitására a 2009 második negyedévében meghirdetendő második pályázati felhívás keretében kerül sor. Az első kiíráshoz hasonlóan számos támogatási területre pályázhatnak a jogosult partnerségek az eddig is alkalmazott, nyílt pályázati rendszeren keresztül; a várható támogatási összeg körülbelül 60 millió euró lesz.

A magyar-szlovák határ menti területeken elindítandó együttműködésekhez nyújt európai uniós forrást – a korábbi INTERREG-program 2007-2013 közötti folytatásaként – a Magyarország–Szlovákia Határon Átnyúló Együttműködési Program, amelyben magyar részről Győr-Moson-Sopron, Komárom-Esztergom, Nógrád, Heves, Borsod-Abaúj-Zemplén, Szabolcs-Szatmár-Bereg és Pest megye, valamint Budapest, szlovák oldalról pedig Pozsony, Nagyszombat, Nyitra, Besztercebánya és Kassa kerület vesz részt. A program keretében támogatásra – többek között – olyan területeken lehet pályázni, mint a határon átnyúló üzleti együttműködések, a K+F- és innovációs együttműködések, közös turisztikai projektek, egészségügy és kockázat-megelőzés, partnerségi, program- és projektmenedzsment-kapacitások fejlesztése, humánerőforrások közös használata és fejlesztése, határon átnyúló környezet- és természetvédelmi projektek, kisléptékű közlekedési infrastruktúra-fejlesztések valamint információtechnológiai fejlesztések.